Chợ đầu mối là loại hình khác với chợ thông thường, chợ là nơi mua bán chủ yếu để trung chuyển hàng hóa chứ không phải mua bán hàng để tiêu dùng. Do đó có sự khác biệt trong cách thức hoạt động và đối tượng mua bán. Chợ đầu mối do đó khác nhiều với các loại chợ thông thường, như loại hình chợ tổng hợp, hay còn gọi là chợ bách hóa, cũng như khác với chợ chuyên doanh.[10] Và do vai trò, chức năng riêng biệt mà chợ đầu mối thường đặt ở ngoại thành, còn trung tâm đô thị là dành cho chợ thông thường.[11] Chợ đầu mối thường tập trung nhiều ở các thành phố lớn, là trung tâm kinh tế, thương mại quan trọng.[12]

Chợ đầu mối không chỉ thu gom, quản lý, bán mua mà còn gắn kết với kiểm dịch, chế biến, bảo quản,...[13] Một số chợ ban đêm hoạt động như chợ đầu mối, ban ngày lại là chợ bán lẻ, như chợ Cây Đa.[14]

Cách thức giao dịch ở chợ đầu mối nổi bật việc mua chịu trả sau,[15][16][17] trả chậm, mua bán gối đầu,...xảy ra giữa nhà sản xuất, cung cấp hàng với đại lý, hoặc giữa các thương nhân với nhau.[15] Chợ hoạt động theo cơ chế thị trường, các nhà buôn bán đưa ra đơn hàng, các nhà phát triển, khoa học hỗ trợ và người sản xuất đáp ứng các nhu cầu về hàng hóa đã được đặt ra.[18]